Profesjonaliści: sekwencjonowanie wirusa SARS-CoV-2 to żmudny proces

Profesjonaliści: sekwencjonowanie wirusa SARS-CoV-2 to żmudny proces

Zrozumienie budowy genetycznej SARS-CoV-2 i identyfikacja jego mutacji to żmudny i żmudny proces – mówi Siluja Krzotska, kierownik Pracowni Badań Epidemiologiczno-Klinicznych w Olsztynie. W Olsztynie nanosekwencer, czyli sekwencer kwasów nukleinowych, bada próbki z czterech powiatów.

Laboratorium w Olsztynie przyjmuje próbki z powiatów: warmińsko-mazurskiego, kujawsko-pomorskiego, pomorskiego i podlaskiego.

Jak wyjaśniła Sylwia Krzętowska, proces sekwencjonowania wirusa rozpoczyna się od dostarczenia próbki z materiałem pacjenta (po badaniu PCR) z laboratorium Covid. Nie wszystkie próbki pozytywne nadają się do sekwencjonowania. Podstawowym kryterium określania przydatności próbki jest wystarczająca ilość wirusowego RNA.

“Sekwencjonowanie to badanie, które ma swój tok pracy. Aby wyizolować materiał genetyczny wirusa, trzeba wykonać określone czynności. Jego czas trwania to ok. 2,5 dnia” – podkreśliła.

“Najpierw musimy oczyścić próbkę, aby pozostał tylko materiał genetyczny SARS-CoV-2. Nasze gardło nie jest miejscem sterylnym. Wiadomo, że po pobraniu wymaz zawiera ludzkie komórki nabłonkowe, inne mikroorganizmy, które występują w drogach oddechowych, DNA i DNA RNA, dlatego oczyszczanie próbki jest ręcznym, wieloetapowym i długotrwałym procesem” – wyjaśnił kierownik olsztyńskiego laboratorium.

Następnie tak oczyszczona próbka przechodzi w sekwenatorze reakcję łańcuchową. “W laboratorium w Olsztynie wykonujemy sekwencjonowanie nanoporów metodą opracowaną przez Uniwersytet Oksfordzki. Polega ona na nałożeniu membrany z nanoporami na specjalną płytkę. Rozdrobnione fragmenty materiału genetycznego SARS-CoV-2 przechodzą przez nanopory. w błonie, a dzięki zachodzącym procesom elektrochemicznym możliwy jest odczyt z dowolnego genomu wirusa, który następnie powstał z nukleotydów” – opisuje Siluia Krzytowska

Sekwencjonowanie na urządzeniu zajmuje około 72 godzin. Czas ten można skrócić do 48 godzin, pod warunkiem, że odczytaliśmy już odpowiednią sekwencję genomu badanego wirusa – dodaje specjalista.

Wskazała, że ​​po uzyskaniu określonej sekwencji nukleotydowej określonej próbki, sekwencja ta jest włączana do międzynarodowej bazy danych GISAID, która weryfikuje jej podobieństwo do oryginalnego wariantu wirusa Wuhan. Wskazała, że ​​ostatecznie określa się rodzaj wirusa i rodzaj mutacji. Może to być m.in. alfa (brytyjska), beta (południowoafrykańska), gamma (brazylijska) czy delta (indyjska).

READ  nowa świątynia sztuki

W sekwencjonowaniu nano-gwoździ dużym zainteresowaniem cieszą się systemy komputerowe, które umożliwiają gromadzenie dużej ilości danych. Krzętowska wyjaśniła: „Każda część RNA wirusa jest odczytywana około 20 razy. Celem jest uzyskanie wystarczającej liczby powtórzeń sekwencji. Dlatego potrzebna jest duża moc obliczeniowa komputerów”.

Stwierdziła, że ​​zaletą koronawirusów jest to, że cały czas się zmieniają. Większość zmian jest nieszkodliwa, a niektóre są spowodowane przez pewne mutacje, które są szkodliwe dla ludzi.

Niebezpieczne wirusy alarmowe są bardziej zaraźliwe i mogą mieć wpływ na ostry przebieg choroby. Poważne mutacje to również te, które czynią wirusa odpornym na szczepienie i dopuszczone do tej pory leki lecznicze.

Na pytanie, czy ten długi proces sekwencjonowania uczyni laboratorium nieefektywnym w przypadku czwartej fali pandemii, Krzętowska odpowiedziała, że ​​nie ma potrzeby testowania wszystkich eksperymentów.

“Obecnie testujemy wszystkie próbki, ponieważ infekcji jest niewiele. Zgodnie z zaleceniami międzynarodowych organizacji WHO i ECDC należy zbadać od 5 do 10 procent testów na SARS-CoV-2. Jeśli wiemy, że zakażenie występuje w rodzina mieszkająca razem, nie ma potrzeby testowania wszystkich członków rodziny. Podobnie jest w przypadku epidemii w miejscu pracy. Bardzo prawdopodobne, że ten sam wirus wystąpi w tych ogniskach” – opisała.

Podobnie było z wariantem brytyjskim, który w pewnym momencie zaczął dominować nad innymi wariantami i stanowił 97-98 proc. w zależności od prowincji. Aktualne warianty wirusa SARS-CoV-2.

PAP – Nauka w Polsce, Agnieszka Libudzka

Ali / agt /

Estaremos encantados de escuchar lo que piensas

Deje una respuesta

exabeta.com